تختص وحدة التدقيق الداخلي بما يلي:
1-وضع مشروع خطة التدقيق السنوية على الوحدات الإدارية بالوزارة، ورفعها للوزير لاعتمادها، وإعداد تقارير بنتائج التدقيق.
2-مراقبة مدى الالتزام بتنفيذ القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بأنشطة الوزارة.
3-التحقق من انسجام نظم وأساليب العمل مع اختصاصات وأهداف الوزارة، ورفع المقترحات اللازمة في هذا الشأن.
4-مراقبة المستندات المالية من سندات قبض وسندات صرف وسندات قيد وغيرها بعد الصرف.
5-دراسة مشاكل ومعوقات العمل بالوزارة، وبحث أسبابها واقتراح الحلول المناسبة لها.
6-مراجعة التعليمات المالية، واقتراح ما يلزم لها من تعديلات، ومراقبة تنفيذها.
7-مراقبة إجراءات تعيين الموظفين، وإجازاتهم، وترقياتهم، وغير ذلك مما يتعلق بشؤون الموظفين، والتحقق من الالتزام بالقوانين واللوائح والقرارات المنظمة لذلك.
8-التأكد من سلامة الأموال والعهد والأثاث والأدوات والمباني والموجودات الأخرى التي تملكها الوزارة أو تخضع لإشرافها.
9-الاشتراك في جرد محتويات المخازن والعهد الأخرى.